日本係東亞島國，由四個大島同埋6852個島仔組成，2005年佢全部面積有成37萬7915 km²。以上種種，都導致日本雨量同差唔多緯度嘅朝鮮半島、華北等地區差異顯著。

位置同面積
主文： 都道府縣
日本整體可以劃做八大地方，分別係北海道、東北地方、關東地方、中部地方、近畿地方（又叫關西地方）、中國地方、四國地方同九州地方。呢啲地域係古代分野而來，家下係冇官方行政地位嘅。不過民間一直向呢個分法，重用得好廣泛，例如地理書分冊、交通安排、民間習慣、商業機構等等咁。
日本政府自1947年起，就跟《地方自治法》將全國分成47個一級行政區，叫做「都道府縣」，分別係一都（東京都）、一道（北海道）、二府（大阪府、京都府）、四十三縣。
都道府縣下面呢，就叫做「基礎地方公共團體」，分別係市、町、村。市嘅人口同工業化規模大過町，而都道府縣要設置町亦都有一定人口同工業化嘅要求，至於村就冇限。市、町、村都直接隸屬都道府縣，地位平等，冇互相隸屬或者領導關係。
1956年起，都道府縣嘅市可以設置政令指定都市。政令指定都市人口超過50萬，喺經濟同工業運作上好重要。政令指定都市雖然隸屬道、府、縣嘅管轄，但係部分行政事務就改為接受中央政府直接指導，亦都享有更高嘅自治權同財政來源。政令指定都市入面可以設置區，方便自治行政。2007年4月1日起，全國政令指定都市增加到17個。
1996年起，都道府縣嘅市可以設置中核市。中核市人口必須達30萬，比一般嘅市擁有更高自治權力，但就唔及政令指定都市。截至2006年，全國中核市有37個。
2000年起，都道府縣嘅市可以設置特例市。特例市人口必須達20萬，比一般嘅市擁有更高自治權力，但就唔及中核市。截至2006年，全國特例市有39個。
東京都係冇設置任何政令指定都市、中核市或者特例市嘅。東京東部、瀕臨東京灣人口最密集嘅地域劃咗做23個特別區。特別區雖然同其他市、町、村一樣，都係具有自治權嘅地方公共團體，而且各區人口亦都差唔多將近政令指定都市，但水喉水、坑渠水、消防等等嘅公共服務就唔會自己處理，畀返東京都政府搞。
日本過去曾經有過叫做郡嘅地方行政機關，階級係都道府縣以下，町村以上。1920年代起，郡制已經廢除，而家只係用作概括描述行政區域或者寫地址用，並冇實際嘅行政用途。
另外，部分都道府縣會喺市町村上設置支廳。支廳唔係地方公共團體，冇自治權，地址亦唔會寫。支廳只係用於幫都道府縣政府喺偏遠或者離島地區搞行政。都道府縣之中，北海道面積最大，國內大部分嘅支廳都集中喺度。納入東京都管轄嘅多個太平洋離島亦都設有支廳。

行政地理
主文： 日本人口
根據日本《2007年統計年鑑》，2005年全國人口共1億2,775萬7,000人，男性佔48.8%，女性佔51.2%，五年增長率0.7%。

人口
日本列島係北美洲板塊、太平洋板塊同埋菲律賓板塊撞入歐亞大陸板塊，歐亞大陸皮塊突起而成。由於地殼活動唔穩定，地震認真密，有啲火山重會耐唔耐爆發，海域發生地震又會引發海嘯，居民成日都要小心防範。火山活動亦都帶來溫泉。
日本國土大概75%係山地丘陵地帶，小規模嘅山間盆地同平原散佈全國，成為民居、耕種、經濟活動集中地。山脈連綿本土中央，將國土分成兩半，成為面向太平洋嘅「表日本」同日本海嘅「裏日本」。表日本山坡好斜，高度有成3,000米，河谷山峽好深。日本中部長野縣附近係三組山脈匯聚嘅地方，由北至南分別係飛驒山脈、木曾山脈及赤石山脈，統稱日本阿爾卑斯山脈。部分山頭重有成海拔三千幾米高，當中最高點係赤石山脈嘅北嶽，有3,193米高。全國最高峰就係位於太平洋沿岸山梨縣同靜岡縣交界嘅富士山，自1707年成為睡火山，高度係海拔3,776米。裏日本方面就有高原同埋比較矮嘅山峰，高度約為海拔500至1,500米。
日本國內平原面積唔大，當中最大嘅係首都東京所喺嘅關東平原，面積約13,000km²。其他較有規模嘅平原，包括圍繞愛知縣名古屋嘅濃尾平野、大阪同京都兩府附近嘅近畿平原、本州東北部宮城縣嘅仙台平原，以及北海道西部嘅石狩平原。唔少平原都係鄰近沿岸地區，面積通過開山填海而有所增加。

全國最高點：山梨縣及靜岡縣交界 富士山，海拔3,776m，北緯35°21′39〞，東經138°43′39〞
最長嘅河： 信濃川，367 km
流域面積最廣嘅河：利根川，16,840 km²
面積最大嘅湖：滋賀縣 琵琶湖，670.3 km²
湖岸最長嘅湖：滋賀縣 琵琶湖，241 km
最深嘅湖：秋田縣 田澤湖，423.4 m
海拔最高嘅湖：栃木縣 中禪寺湖，海拔1,269m 地勢
日本周邊海域分別係東邊嘅太平洋、南邊嘅菲律賓海（日本多數將佢當作太平洋一部分）、西邊嘅東海、西北邊嘅日本海，以及東北邊嘅鄂霍次克海。本州與四國之間嘅海稱為瀨戶內海，當中散佈多個海島。
日本嘅太平洋海域有叫做黑潮嘅暖流由南向東北流動，而佢嘅支流對馬海流就會經過對馬海峽，流入朝鮮半島同日本之間嘅日本海。另一股稱為親潮嘅寒流就從北太平洋向南方流動。叫做利曼海流嘅親潮支流，就經韃靼海峽流入日本海。